Усердные труды, сидячий образ жизни привели к тяжелым последствиям — со временем у него развилось хроническое воспаление почек, осложненное болезнью печени и сердца, которая быстро и неожиданно для всех свела его в могилу. Василий Васильевич Болотов скончался 5 апреля, в среду Страстной недели, 1900 года и был погребен на Никольском кладбище Александро-Не-вской Лавры.